·1278年，福建全境入元版图。元朝中央设置中书省，作为全国最高的行政机构；地方设行中书省作为地方政权机构，行中书省下设路、府、州、县。
·1280年，改福建路为福建、泉州、隆兴三个行中书省，后来全部撤消。1321年，福建境内设八个路，均归江浙行中书省管辖。1356年，撤福建路，成立福建省，此为福建设省的开始。
·南宋时泉州与广州并称为全国两大商港。元代掌握泉州军政大权的蒲寿庚弃宋降元，使泉州港非不但没有受到破坏，反而成为东方第一大港，与埃及的亚历山大港并称为"世界最大的贸易港"。许多穆斯林从海上丝绸之路直接涌入泉州，在泉州修建了多座清真寺，由于伊斯兰教过于兴盛，以至不少汉人被融合而皈伊斯兰教。当时不仅泉州，闽中、闽北也出现许多伊斯兰教徒。天主教于元代传入泉州，元代中国天主教仅有两个教区，一个在泉州，另一个在北京。
·1357年，亦思法杭人赛甫丁凭其所拥有的武装和市舶的财源，伙同阿米里丁割据泉州，伺机北略兴化、福州，妄图建立"亦思法杭国"。1366年福建行省参政陈友定奉命讨伐番寇，收复兴化，攻克泉州，收复漳州，长达九年之久的亦思法杭兵乱遂告平息。
·1367年，朱元璋在东南一带击败方国珍，决定分水陆两路向福建进军。其中水路则由征南将军汤和、副将廖永忠率舟由明州(今宁波)浮海取福州。不数日，汤和取得福州，派人招谕兴化、漳州、泉州等地。1376年，明廷废除行中书省机构，各省分别设立承宣布政使司、提刑按察使司和都指挥使司，以掌行政、司法、军事大权，布政使司下领府、州、县。
·福建全省八路改为福州、建宁、延平、邵武、兴化、泉州、漳州、汀州八府。1473年,恢复被废为县的福宁州，直隶于布政司，合计"八府一州"。明代福建在造船业、印刷业、制瓷业等在全国继续保持领先地位。教育继元代中落后，又进入一个昌盛时期；虽然王阳阴学说的出现的冲击了朱子学说，但闽学在福建不但长盛不衰，还有创造性发展。在充满希望的十四世纪，福建如果凭借长期发展起来的工商经济机制，凭借其特有的沿海地理条件，应该在全国最早崛起。但明代统治者志在铲除东南沿海已有的城市经济基础，再加上倭祸严重，明代统治者多次在福建沿海实施严厉的海禁，规定濒海百姓不得擅自下海与番国买卖，并强迫沿海一些岛屿居民内迁大陆。二百年的海禁，极大遏制了福建的发展。海禁促使民间走私贸易发达，走私的中心是漳州龙海的月港，成为与福州港、泉州港、厦门港并称的福建古代四大外贸商港。
·倭祸，在宋元时代就有了。元末明初，日本分裂为南北朝。西南各领主，为了筹集饷款，常派武士来中国沿海抢掠。南朝覆灭后，一部分武士不肯归顺北朝，便下海为寇。明初，被朱元璋消灭的张士诚、方国珍的残余势力逃窜海上，与倭寇相勾结。另有中国沿海一些豪商抵赖不还倭商的货债，倭商愤而烧杀抢掠这些豪商后，也加入倭寇队伍。中国的一些走私犯法分子和海盗，为了与官府对抗，也与倭寇狼狈为奸，使中国东南沿海的倭祸日益严重。戚继光取得抗倭胜利。
·清初，福建先后隶于南京弘光政权和福州隆武政权，并两次被清军攻占，一次为浙江鲁监国起兵克复。至1661年清政府实行截界之前，福建沿海仍处于郑成功(奉南明永历为正朔)和清朝两面政权的统治之中。
·清廷为断绝沿海人民与郑成功联系，不准本地商船运货出海，又下诏沿海地区内迁三十里。后来虽允复界，但又实行闭关政策，沿海一带仍然恢复缓慢。至清政府统一台湾后，才准许商民出海贸易，福建对外贸易转至以厦门为中心，漳州、泉州为两翼。
·清朝，省下分道、府、县三级。与府并行的有直隶厅、州；与县并行的有厅。
·清代在福建设置闽浙总督和福建巡抚。清初省下辖有福州、兴化、泉州、漳州、延平、建宁、邵武、汀州八府。1684年增设台湾府。至1886年，才分出台湾府设省。至清末，有九府二州、五十八县、六厅。
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